Les missions spéciales ont lieux à des moments particulier, pour des événements précis (comme une nouvelle saison, un nouveau contenu de la licence Pokémon etc.). Il s'agit de missions plus ou moins difficiles permettant d'obtenir des récompenses.

Un exemple de set de missions spéciales.

Pass de Ninja 

Le Pass de Ninja était un événement durant la saison 1 permettant d'obtenir 3 skins différents. Il était divisé en 2 sections : la partie gratuite et la partie réservée au VIP. 

En tant que dresseur non-VIP, il y avait 1 skin obtenable. En tant que dresseur VIP, il y avait 2 autres skins obtenables via ce pass.

Ces skins étaient : 

- Ninja de Cherry Kingdom (Gratuit)

- Deadpool (VIP)

- Ninja le streamer (VIP)

Les missions consistaient en des taches sur divers éléments. C'est ce pass qui a permis l'introduction de la mission "Epic" (Transformer un Pokémon en Epic). 

Pikaend

L'événement Pikaend a été un événement spécial pour la sortie du film détective Pikachu. Il s'agissait de 3 missions permettant, une fois réussie, d'obtenir Détective Pikachu. 

Les missions étaient accompagnées d'un Safari spécial sur le week-end, permettant de rencontrer Pikachu plus fréquemment, ainsi que Pikachu Surf et Pikachu Photo pour la première fois. 

Les missions de cet événement consistaient à capturer des Pikachus : 

• 10 Pikachus Normaux
• 1 Pikachu Surf
• 1 Pikachu Photo

Pass Cactus

Le pass Cactus était disponible pour tout le monde à la sortie de la saison 2. il permettait d'obtenir le skin Cactus. Pour l'occasion des nouvelles missions ont été ajoutées.

• Faire des chaines de capture
• Capturer des brillants
• Vendre, planter et récolter des baies
• Utiliser du miel

Pass de Cléopatre

Le pass Cléopatre est arrivé en même temps que le pass cactus mais n'était disponible que pour les VIP. il permettait d'obtenir le skin Cléopatre. Pour se faire il fallait compléter les missions suivantes :

• Faire des chaines de capture
• Capturer des brillants
• Faire évoluer des Pokémon
• Transformer des Pokémon en épique

Event F'Estival

Cet événement a eu lieu en début de saison 2, il permettait d'obtenir un avatar de dresseur "Camille surf" après avoir réussi les missions suivantes :

• Créer des objets depuis le sac
• Acheter des objets ou Pokémon
• Planter des baies

Plusieurs autres ont depuis été ajoutées, donnant diverses récompenses (surf Luge, surf Brice de Nice, surf Ombrelle du festival, Gingerfried, skin de map Mimiqui, etc...)